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Même si le lien formel entre les Nations Unies et l'Alliance de l'Atlantique Nord est consacré par leurs documents fondateurs respectifs depuis l'institution de l'Alliance en 1949, leurs relations de travail sont restées limitées pendant les premières décennies.
La situation a cependant changé en 1992, alors que le conflit prenait de l'ampleur dans les Balkans occidentaux, amenant un renforcement de la coopération pratique entre ces deux organisations au regard de leurs rôles respectifs dans la gestion des crises.
En juillet 1992, des navires de l'OTAN appartenant à la Force navale permanente de l'Alliance en Méditerranée ont, avec le soutien d'avions de patrouille maritime de l'OTAN, engagé dans l'Adriatique des opérations de surveillance à l'appui de l'embargo sur les armes décrété par les Nations Unies à l'encontre de toutes les républiques de l'ex-Yougoslavie. Quelques mois plus tard, en novembre, l'OTAN et l'Union de l'Europe occidentale (UEO) ont entamé des opérations destinées à faire respecter les résolutions adoptées par le Conseil de sécurité des Nations Unies afin de prévenir une escalade du conflit.
En décembre 1992, les ministres des affaires étrangères des pays de l'OTAN ont déclaré officiellement que l'Alliance était prête à soutenir les opérations de maintien de la paix menées sous l'autorité du Conseil de sécurité des Nations Unies. Les mesures déjà prises par les pays de l'OTAN, individuellement ou en tant qu'Alliance, ont été réexaminées, et l'Alliance a indiqué qu'elle était prête à répondre positivement aux nouvelles initiatives que pourrait prendre le Secrétaire général de l'ONU en vue d'obtenir une aide des Alliés dans ce domaine. Un certain nombre de mesures ont ensuite été appliquées, notamment des opérations maritimes conjointes menées sous l'autorité des Conseils de l'OTAN et de l'UEO, des opérations aériennes menées par l'OTAN, un appui aérien rapproché pour la Force de protection des Nations Unies (FORPRONU), des frappes aériennes destinées à protéger les « zones de sécurité » instaurées par l'ONU et l'établissement de plans de circonstances pour d'autres options éventuelles des Nations Unies.
Après la signature de l'Accord-cadre général de paix en Bosnie-Herzégovine (l'Accord de Dayton) le 14 décembre 1995, les Nations Unies ont donné mandat à l'OTAN, sur la base de la résolution 1031 du Conseil de sécurité, de mettre en œuvre les aspects militaires de l'Accord de paix. Il s'agissait de la première opération de maintien de la paix menée par l'Alliance. Une Force de mise en œuvre (IFOR) dirigée par l'OTAN a engagé des opérations en Bosnie-Herzégovine le 16 décembre pour remplir ce mandat. Un an plus tard, elle était remplacée par une Force de stabilisation (SFOR) également dirigée par l'OTAN. Les deux forces multinationales ont, pendant toute la durée de leurs mandats respectifs, travaillé en étroite collaboration avec d'autres organisations internationales et agences humanitaires sur le terrain, y compris celles relevant des Nations Unies, telles que le Haut Commissariat des Nations Unies pour les réfugiés (HCR) et le Groupe international de police (GIF) de l'ONU.
Dès le début du conflit au Kosovo, en 1998, et tout au long de la crise, des contacts étroits ont été maintenus entre le Secrétaire général de l’ONU et le Secrétaire général de l'OTAN. Des actions ont été menées par l'Alliance à l'appui des résolutions du Conseil de sécurité des Nations Unies pendant et après le conflit. La Force de paix au Kosovo (KFOR) a été déployée sur la base de la résolution 1244 adoptée le 12 juin 1999 pour assurer une présence internationale de sécurité comme condition préalable à la paix et à la reconstruction du pays.
En 2000 et 2001, l’efficacité de la coopération entre l'OTAN et les Nations Unies a permis d'endiguer les grandes dissensions ethniques apparues dans le sud de la Serbie et de prévenir une véritable guerre civile dans l'ex-République yougoslave de Macédoine 1.
Plus récemment, la coopération entre l'OTAN et les Nations Unies a joué un rôle clé en Afghanistan. Le 11 août 2003, l'Alliance prenait officiellement le commandement de la Force internationale d'assistance à la sécurité (FIAS), force chargée sous mandat de l'ONU de contribuer à assurer la sécurité à Kaboul et alentour. La FIAS a ensuite été autorisée par une série de résolutions du Conseil de sécurité des Nations Unies à élargir sa présence à d'autres régions du pays afin d’étendre l'autorité du gouvernement central et faciliter le développement et la reconstruction. L'Alliance a également déployé à titre provisoire des forces supplémentaires en Afghanistan pour accroître le soutien de l'ISAF aux autorités afghanes dans leurs efforts visant à créer des conditions de sécurité pour l’élection présidentielle d'octobre 2004 ainsi que pour les élections législatives et municipales de septembre 2005.
En Iraq, aux termes de la résolution 1546 du Conseil de sécurité des Nations Unies et à la demande du gouvernement intérimaire iraquien, l'OTAN fournit une aide à la formation et à l'équipement des forces de sécurité iraquiennes.
En juin 2005, à la demande de l'Union africaine et en étroite coordination avec les Nations Unies et l'Union européenne, l'OTAN a accepté d'apporter son soutien au renforcement de la mission de l'Union africaine visant à mettre un terme à la violence persistante dans la région du Darfour. L'OTAN a apporté son concours à cette mission en assurant pendant l'été le transport aérien de soldats de la paix des pays africains fournisseurs de contingents dans la région, et a également contribué à former les troupes de l'Union africaine à l'administration d'un quartier général multinational et à la gestion des données du renseignement.
