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Si l'Afghanistan est au centre de leur coopération, l'OTAN et le Pakistan ont par ailleurs établi des échanges réguliers à différents niveaux, notamment en organisant des visites de hauts responsables et de faiseurs d'opinion, et en faisant participer des responsables militaires pakistanais à des programmes de formation de l'OTAN.
Le Pakistan est un voisin important de l'Afghanistan. Le soutien qu'il a apporté aux efforts déployés en Afghanistan par l'OTAN et la communauté internationale reste essentiel pour la réussite de la mission de l'Alliance. Par ailleurs, l'instabilité, l'extrémisme et le terrorisme constituent autant de menaces pour le Pakistan, comme pour l'ensemble de la communauté internationale. Ainsi que le premier ministre pakistanais l'a souligné lors d'une visite effectuée au siège de l'OTAN le 30 janvier 2007, « Le Pakistan est déterminé à voir émerger un Afghanistan fort et stable. Le pays qui en bénéficiera le plus, outre l'Afghanistan lui-même, est le Pakistan. »
L'intensification de la coopération militaire entre l'OTAN et le Pakistan sur la question de l'Afghanistan se manifeste dans les travaux de la Commission tripartite, dans laquelle sont examinées les questions militaires et de sécurité, et qui rassemble des représentants de l'opération de la FIAS dirigée par l'OTAN, de l'Afghanistan et du Pakistan.
La Commission tripartite se réunit régulièrement à différents niveaux, et elle sert de cadre à des échanges de vues et à l'examen de questions de sécurité présentant un intérêt commun. Les quatre domaines principaux dans lesquels s'exerce la coopération sont le partage des données du renseignement, la sécurité aux frontières, la lutte contre les dispositifs explosifs de circonstance, et les initiatives relatives aux opérations d'information. Un centre de renseignement conjoint entre l'Afghanistan, la FIAS et le Pakistan, ouvert en janvier 2007 à Kaboul, a amélioré la coordination au sein de la Commission tripartite.
L'OTAN se félicite de l'attitude constructive du Pakistan à l'égard de la sécurité et de la stabilité dans la région. Les problèmes liés à l'augmentation de la culture du pavot en Afghanistan et à la prise en charge des réfugiés de ce pays ont également été évoqués au cours de discussions politiques de haut niveau.
Les relations OTAN-Pakistan ne se limitent cependant pas au cadre du programme des opérations de l'Alliance en Afghanistan.
Le Secrétaire général délégué de l'OTAN s'est rendu au Pakistan à deux reprises depuis 2005. Des visites de faiseurs d'opinion pakistanais au siège de l'OTAN ont par ailleurs été organisées. Ils y ont reçu des informations sur les politiques de l'OTAN. Des contacts ont également lieu au niveau militaire, et l'OTAN a accepté d'admettre des officiers pakistanais à certains stages d'entraînement et de formation. Ces échanges permettent d'éviter les malentendus et de promouvoir une culture de sécurité fondée sur la coopération et axée sur des domaines d'intérêt commun (comme la stabilité régionale et la lutte contre le terrorisme).
