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Outre la tenue de réunions régulières, les deux organisations collaborent sur le terrain dans le cadre des arrangements « Berlin Plus ». Elles ont également décidé de développer une coopération pour lutter contre le terrorisme et la prolifération des armes de destruction massive, et œuvrent à la mise en place d’une planification concertée du développement des capacités.
Des responsables de l'OTAN et de l'UE se réunissent régulièrement à différents niveaux : au niveau des ministres des affaires étrangères, deux fois par an ; au niveau des ambassadeurs (Conseil de l'Atlantique Nord et Comité politique et de sécurité de l'UE), au moins trois fois par semestre ; au niveau du Comité militaire, deux fois par semestre ; au niveau des comités, de façon régulière ; au niveau exécutif de façon courante.
La mise en place d'un dispositif militaire permanent de liaison est envisagée afin de faciliter la coopération au niveau opérationnel. Parmi les propositions à l'étude, il faut citer la création d'une cellule de l'UE au SHAPE (le commandement stratégique de l'OTAN pour les opérations, situé à Mons, en Belgique) et un dispositif de liaison OTAN à l'Etat-major de l'UE.
Compte tenu de l’amélioration sensible de la situation de sécurité en Bosnie-Herzégovine, les chefs d’État et de gouvernement des pays membres de l’OTAN ont décidé, au Sommet d’Istanbul, de mettre un terme d’ici la fin de 2004 à la mission de la SFOR dirigée par l’Alliance, et de préparer une transition progressive vers une mission de suivi dirigée par l’UE dans le cadre des arrangements « Berlin Plus ».
Concrètement, cela signifie que l’UE va diriger la mission en coordination et en coopération étroites avec l’OTAN : elle aura accès aux moyens de l’OTAN et à son dispositif de planification, et le Commandant suprême adjoint des Forces alliées en Europe (DSACEUR) commandera l’opération pour l’UE. La nouvelle force de l’Union en Bosnie-Herzégovine sera baptisée « ALTHEA ».
L’OTAN restera engagée dans les opérations de stabilisation et maintiendra une présence dans le pays. Elle conservera un quartier général à Sarajevo et continuera d’assister la Bosnie-Herzégovine dans des domaines tels que la réforme de la défense et la lutte contre le terrorisme.
Le 31 mars 2003, l'opération CONCORDIA, dirigée par l'UE, a pris la relève de l'opération ALLIED HARMONY, mission que dirigeait l'OTAN dans l'ex-République yougoslave de Macédoine 1 . L’opération CONCORDIA s’est achevée le 15 décembre 2003 ; elle a été remplacée par l’opération PROXIMA, mission de police dirigée par l’UE.
Conformément aux arrangements « Berlin Plus », l'Adjoint au SACEUR de l'OTAN a été désigné commandant de l'opération pour cette toute première mission militaire de maintien de la paix dirigée par l'UE. L'OTAN a apporté son concours à l'UE en ce qui concerne la planification stratégique, opérationnelle et tactique. Un état-major d'opération (EMO) de l'UE a été installé au Grand quartier général des puissances alliées en Europe (SHAPE) de l'OTAN à Mons, en Belgique, pour aider le commandant de l'opération.
En outre, un « élément de commandement de l'UE » (EUCE) a été établi à l'AFSOUTH (commandement de la force interarmées de l'OTAN pour les opérations dans les Balkans) à Naples, en Italie. Le chef d'état-major de l'AFSOUTH est également devenu chef d'état-major du nouvel Elément de commandement de l'UE ; il est assisté d'un directeur de l'UE pour les opérations.
Ces postes jumelés OTAN-UE ont garanti les liens entre la chaîne de commandement opérationnelle de l'UE et celle de l'OTAN pendant l'opération CONCORDIA. Cette mission est la première pour laquelle des moyens OTAN ont été mis à la disposition de l'UE.
Quelques mois plus tard, en juillet 2003, l’UE et l’OTAN ont publié une « approche concertée pour l’ouest des Balkans », qui précise les domaines essentiels de coopération et souligne la vision commune et la détermination des deux organisations à ramener la stabilité dans la région.
Les ministres des affaires étrangères des pays de l'UE et de l'OTAN ont réaffirmé leur volonté de resserrer leur coopération dans la lutte contre le terrorisme et la prolifération des armes de destruction massive. Les deux organisations ont déjà échangé des informations sur leurs activités dans le domaine de la protection des populations civiles contre des actes terroristes commis au moyen d'armes chimiques, biologiques, radiologiques et nucléaires. L'OTAN et l'UE procèdent en outre à des consultations sur d'autres questions d'intérêt commun, comme la situation en Moldova et en Afghanistan.
La planification concertée du développement des capacités et le renforcement mutuel de l'Engagement capacitaire de Prague (PCC) de l'OTAN et du Plan d'action européen sur les capacités (ECAP) de l'UE sont eux aussi désormais inscrits au programme OTANUE.
L'ECAP antérieur de l'UE comprenait un catalogue de forces et de capacités pour l'Objectif global de l'UE (qui consistait à pouvoir déployer jusqu'à 60 000 soldats pour la fin de 2003 en vue de missions humanitaires et de sauvetage, ainsi que de maintien et de rétablissement de la paix). Des experts de l'OTAN ont fourni des avis d'ordre militaire et technique dès le stade de la préparation de l'ECAP et jusqu'à sa mise en œuvre. La planification des capacités de l'OTAN et de l'UE et le renforcement mutuel du PCC et de l'ECAP sont abordés dans le cadre du Groupe OTAN-UE sur les capacités, établi en mai 2003.
Depuis, l'UE a annoncé la création, en février 2004, d'un nouveau concept qui débouchera sur le lancement d'unités de réaction rapide composées de groupements tactiques interarmées. Conformément à l’Objectif global pour 2010, ces unités seront entièrement constituées à l’horizon 2007.
L’Objectif global envisage également la création d’une Agence de défense de l’UE qui serait spécifiquement chargée du développement des capacités de défense, de la recherche, des acquisitions et des questions d’armement. Dans la pratique, l’Objectif global vise à traduire la stratégie européenne de sécurité en objectifs militaires concrets afin que l’UE puisse développer ses capacités sur le long terme.
