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Les forces de l'OTAN ont contrôlé plus de 75.000 navires, et arraisonné une centaine de bâtiments suspects. En outre, plus de 480 navires ont profité d'une escorte de l'OTAN. Avec cette présence accrue des unités de l'OTAN dans ces eaux, la perception de la sécurité s'est améliorée pour tous les navires franchissant le détroit de Gibraltar.
Il est essentiel, pour la sécurité de l'OTAN, de maintenir ouvertes et sûres les routes commerciales très fréquentées de la Méditerranée. Rien qu'en termes d'énergie, quelque 65 pour cent du pétrole et du gaz naturel consommés en Europe occidentale transitent chaque année par la Méditerranée, et d'importants pipelines relient la Libye à l'Italie et le Maroc à l'Espagne. C'est pourquoi les navires de l'OTAN procèdent, de manière systématique, à des reconnaissances préparatoire des routes maritimes dans les goulets d'étranglement ainsi que dans les passages et les ports importants de l'ensemble du bassin de la Méditerranée.
Depuis mars 2003, Active Endeavour escorte, à travers le détroit de Gibraltar, les navires non militaires des pays alliés qui en font la demande. L'élargissement de la mission avait pour but de prévenir des attaques terroristes comme celles lancées au large du Yémen contre le USS Cole en octobre 2000 et contre le pétrolier français Limbourg deux ans plus tard. Le détroit de Gibraltar est particulièrement étroit, et quelque 3.000 navires de commerce le franchissent chaque jour, de sorte que la zone est considérée comme particulièrement vulnérable.
Depuis avril 2003, l'OTAN arraisonne systématiquement les navires suspects. Ces arraisonnements se sont déroulés avec l'accord du commandant de bord et de l'État du pavillon, conformément au droit international. Concrètement, les navires de commerce traversant la Méditerranée orientale sont arraisonnés par des unités navales de l'OTAN en patrouille, et invités à préciser leur identité et leur activité. Ces informations sont ensuite transmises à la fois aux Forces navales alliées du Sud Europe, à Naples (Italie), et au Centre OTAN pour la navigation commerciale, à Northwood (Angleterre). Lorsque quelque chose semble inhabituel ou suspect, des équipes de 15 à 20 soldats peuvent monter à bord de ces navires pour en inspecter les documents et la cargaison.
Bien que son mandat soit limité à la dissuasion et à la détection des activités en rapport avec le terrorisme, l'opération Active Endeavour a eu un effet sensible sur la sécurité et la stabilité en Méditerranée, ce qui s'est avéré bénéfique pour les activités commerciales et économiques. Les navires et les hélicoptères de l'OTAN sont également intervenus à plusieurs reprises pour des opérations de sauvetage de civils bloqués sur des plates-formes pétrolières ou des navires en train de couler. C'est ainsi que 84 ouvriers ont été évacués, en décembre 2001, d'une plate-forme déstabilisée par des vents violents et une mer très forte; en janvier 2002, ce sont des femmes et des enfants qui ont été hélitreuillés d'un navire en perdition transportant quelque 250 réfugiés, et des hommes de l'OTAN ont aidé à réparer la coque endommagée. L'opération Active Endeavour a fourni le cadre de la composante maritime déployée par l'OTAN en vue d'aider le gouvernement grec à assurer la sécurité pendant les Jeux olympiques et paralympiques, du 2 août au 30 septembre 2004. La Force opérationnelle Endeavour a mené des opérations de surveillance, de présence et d'arraisonnement dans les eaux internationales autour de la péninsule grecque, utilisant à cet effet des unités de surface des Forces navales permanentes, soutenues par des avions de patrouille maritime et des sous-marins, en coordination avec la Marine et les Garde-côtes grecs.
La présence accrue de l'OTAN en Méditerranée a également renforcé le programme de coopération en matière de sécurité associant l'Alliance et sept pays de la région méditerranéenne au sens large – Algérie, Égypte, Israël, Jordanie, Maroc, Mauritanie et Tunisie. Ce programme, créé en 1995, et auquel on a donné le nom de Dialogue méditerranéen, a pour buts de contribuer à la sécurité et la stabilité dans la région et de permettre à l'OTAN et à ses Partenaires méditerranéens de mieux se comprendre. Les pays participant au Dialogue méditerranéen sont eux aussi préoccupés par la menace du terrorisme et ont déjà coopéré avec l'OTAN, dans le cadre de l'opération Active Endeavour, en communiquant des renseignements sur des navires suspects navigant dans leurs eaux. On met actuellement au point des mécanismes renforcés de coordination et de coopération. La Russie et l'Ukraine ont aussi proposé leur soutien à l'opération.
L'expérience acquise par l'OTAN dans le cadre de l'opération Active Endeavour a donné à l'Alliance des compétences sans précédent dans ce domaine et spécialement utiles dans le contexte des efforts déployés au plan international pour lutter contre le terrorisme et, en particulier, contre la prolifération et la contrebande d'armes de destruction massive.
